Vsebina
- Kaj je genotip in fenotip?
- Razlaga genotipizacije virusa HIV
- Razlaga fenotipizacije virusa HIV
- Kdaj se opravi test genetske odpornosti?
Če pride do neuspešnega zdravljenja, je treba izbrati alternativne kombinacije zdravil, da bi zatrli novo populacijo odpornih virusov. Preskušanje genetske odpornosti to pomaga olajšati z ugotavljanjem vrst odpornih mutacij v "virusnem bazenu" osebe, hkrati pa ugotavlja, kako občutljivi so ti virusi na morebitna protiretrovirusna zdravila.
Za testiranje genetske odpornosti na HIV se uporabljata dve osnovni orodji: Genotipski test HIV in Fenotipski test HIV.
Kaj je genotip in fenotip?
Po definiciji je genotip preprosto genetska sestava organizma, fenotip pa so opazne značilnosti ali lastnosti tega organizma.
Genotipski testi (ali genotipizacija) delujejo tako, da identificirajo podedovana navodila znotraj genskega kodiranja celice ali DNA. Fenotipski testi (ali fenotipizacija) potrjujejo izražanje teh navodil pod vplivom različnih okoljskih pogojev.
Medtem ko povezava med genotipom in fenotipom ni absolutna, je genotipizacija pogosto lahko napoved fenotipa, zlasti kadar spremembe genetske kode pomenijo pričakovane spremembe lastnosti ali značilnosti - kot v primeru razvoja odpornosti na zdravila.
Fenotipizacija pa potrjuje "tukaj in zdaj". Njegov cilj je oceniti reakcijo organizma na posebne spremembe okoljskega pritiska, na primer, kadar je HIV izpostavljen različnim zdravilom in / ali koncentracijam zdravil.
Razlaga genotipizacije virusa HIV
Genotipizacija virusa HIV je na splošno najpogostejša tehnologija za testiranje odpornosti. Cilj testa je odkriti specifične genske mutacije v gag-pol regija virusa " genom (ali genetska koda). To je regija, kjer so encimi reverzne transkriptaze, proteaze in integraze - cilji večine protiretrovirusnih zdravil - kodirani na verigi DNA.
S prvim ojačanjem genoma HIV z uporabo tehnologije verižne reakcije s polimerazo (PCR) lahko laboratorijski tehniki zaporedoma (ali "preslikajo") genetiko virusa z različnimi tehnologijami za odkrivanje mutacij.
Teze mutacij (ali kopičenja mutacij) razlagajo tehniki, ki analizirajo razmerje med ugotovljenimi mutacijami in pričakovano občutljivostjo virusa na različna protiretrovirusna zdravila. Spletne zbirke podatkov lahko pomagajo s primerjavo preskusnega zaporedja z zaporedjem prototipa virusa "divjega tipa" (tj. HIV, ki ne vsebuje odpornih mutacij).
Razlaga teh testov se uporablja za določanje občutljivosti na zdravila, pri čemer večje število ključnih mutacij daje višjo stopnjo odpornosti na zdravila.
Razlaga fenotipizacije virusa HIV
Fenotipizacija virusa HIV oceni rast virusa HIV osebe v prisotnosti zdravila, nato pa to primerja z rastjo kontrolnega virusa divjega tipa v istem zdravilu.
Tako kot pri genotipskih testih tudi fenotipski testi povečajo območje gag-pol genoma HIV. Ta odsek genske kode se nato s pomočjo "cepi" na klon divjega tipa tehnologija rekombinantne DNA. Nastali rekombinantni virus se uporablja za okužbo celic sesalcev in vitro (v laboratoriju).
Nato je virusni vzorec izpostavljen naraščajočim koncentracijam različnih protiretrovirusnih zdravil, dokler ne dosežemo 50% in 90% virusne supresije. Nato koncentracije primerjamo z rezultati kontrolnega vzorca divjega tipa.
Relativne "kratne" spremembe zagotavljajo obseg vrednosti, za katerega se določa občutljivost za zdravila. Štirikratna sprememba preprosto pomeni, da je bila za dosego virusne supresije potrebna štirikrat večja količina zdravila kot pri divji vrsti. Čim večja je kratna vrednost, tem manj je virus dovzeten za določeno zdravilo.
Te vrednosti se nato uvrstijo v spodnji klinični in zgornji klinični razpon, zgornje vrednosti pa dajejo višje ravni odpornosti na zdravila.
Kdaj se opravi test genetske odpornosti?
V ZDA se tradicionalno testirajo genske odpornosti na nezdravljenih bolnikih, da bi ugotovili, ali imajo "pridobljeno" odpornost na zdravila. Študije v ZDA kažejo, da bo med 6% in 16% prenesenega virusa odpornih na vsaj eno protiretrovirusno zdravilo, medtem ko bo skoraj 5% odpornih na več vrst zdravil.
Preskušanje genetske odpornosti se uporablja tudi, kadar obstaja sum na odpornost na zdravila pri posameznikih na terapiji. Testiranje se opravi, medtem ko bolnik jemlje neuspešen režim ali v štirih tednih po prekinitvi zdravljenja, če je virusna obremenitev večja od 500 kopij / ml. V teh primerih je na splošno bolj zaželeno genotipsko testiranje, saj stanejo manj, imajo hitrejši čas obratovanja in nudijo večjo občutljivost za odkrivanje mešanic divjega in odpornega virusa.
Kombinacija fenotipskih in genotipskih testiranj je na splošno prednostna za osebe s kompleksno odpornostjo na več zdravil, zlasti za tiste, ki so izpostavljeni zaviralcem proteaz.